Les experts naturalistes choisissent les sites en fonction de "critères d'éligibilité"
Les sites du réseau Natura 2000 sont soigneusement sélectionnés par des biologistes, experts naturalistes, parmi ceux accueillant encore des surfaces importantes d’habitats en bon état de conservation ou des effectifs d’espèces significatifs : localement.
Les annexes des deux directives européennes « Oiseaux » et « Habitats » précisent les critères biologiques et les seuils d’effectifs / de surface... sur lesquels les Etats membres doivent se baser pour recenser leurs sites.
Les sites du réseau Natura 2000 protègent :
- des espèces rares ou menacées et leurs milieux de vie (liste et critères en annexe 2 de la directive « Habitats-Faune-Flore » CEE 92/43, et annexe 1 de la directive « Oiseaux » CEE 79/409)
- des habitats naturels (ou semi-naturels) devenus rares ou menacés sur le territoire européen (liste et critères en annexe 1 de la directive « Habitats-Faune-Flore » CEE92/43)
Les plus menacés d'entre eux sont "prioritaires"
Les sites du réseau Natura 2000 sont les espaces où ces habitats et espèces sont encore significativement présents. Localement, ils peuvent donc paraître "abondants".
Mais attention, la notion de rareté ou de menace s'apprécie à l'échelle du territoire européen et non à l’échelle locale.
Par exemple : sur la Baie d'Yves on peut voir en hiver jusqu'à 9000 Bécasseaux maubèche rassemblés. Contrairement aux apparences, cela ne signifie pas que cette espèce est commune et abondante. Cela signifie que la Baie d'Yves est un site très important pour la survie de l'espèce puisqu'elle accueille jusqu'à 20% de la population mondiale en hivernage. Or cette espèce protégée, d'intérêt communautaire pour l'Union Européenne, est considérée "Quasi-menacée".
Au terme d’une procédure de consultation nationale et de validation européenne, les sites proposés par les scientifiques sont classés par arrêté ministériel en ZPS ou en ZSC : ils deviennent ainsi les sites Natura 2000.