La présence de sites Natura 2000 sur notre territoire français témoigne d'une prise de conscience mondiale, à partir des années 70, de la fragilité de la faune et la flore sauvages face aux grands changements qui touchent les territoires après la seconde guerre mondiale : urbanisation, développement des infrastructures routières et ferroviaires, intensification de l'agriculture....
Dans les années 90, il apparait clairement que pour conserver notre patrimoine naturel, il est important d'agir à l'échelle de l'Union Européenne. Les états membres se lancent alors dans un projet ambitieux : créer un réseau d'espaces naturels qui permette aux populations animales et végétales de s'alimenter, de se reproduire et de se déplacer d'un territoire à un autre.
Les connections entre les espaces les plus préservés se font souvent à travers des territoires très urbanisés, ce qui pousse les élus locaux à penser le développement du territoire dans la préservation des continuités écologiques le long des rivières, des alignements d'arbres...
De 1992 à 2010, le réseau Natura 2000 se développe. Il est constitué d'abord par des sites terrestres, puis enrichi dans un deuxième temps de sites marins.
En 2025, le réseau des sites Natura 2000 représente 18,5 % de la surface terrestre du territoire de l’Union européenne et 8,9 % de la surface marine des eaux européennes.
En France, il représente 13 % de la surface terrestre métropolitaine et 35,7 % de la surface marine de la zone économique exclusive.
Sur ces surfaces, la plupart des activités économiques sont autorisées dans le respect des enjeux environnementaux.
2 sites Natura 2000 se superposent au nord de Rochefort :
- pour la protection des espèces d'oiseaux de la Directive Oiseaux : la Zone de Protection Spéciale (ZPS) FR5410013 - Anse de Fouras, baie d'Yves, marais de Rochefort-Arrêté ministériel du 4 mai 2007 : cette ZPS est un "site mixte" : 25% du site s'étend sur le Domaine Public Maritime est 75% du site s'étend sur le milieu terrestre
- pour la protection des habitats naturels et des espèces de la Directive Habitats : ZSC-Habitat-FR5400429 _ "Marais de Rochefort" : Arrêté ministériel du 27 mai 2009
Pour plus de cohérence, ces 2 sites Natura 2000 font l'objet d'un seul plan d'action validé en 2010 par le Préfet de Charente-Maritime.